中世纪的政治斗争，通常围绕着国王和教皇展开。若国王的权力被削弱，教会的势力就会更加膨胀。天主教在这个时期成为了主导力量，教会用宗教的名义来控制人们的思想，设立宗教裁判所，严惩一切质疑和反抗的声音。许多所谓的“异教徒”或“不听话的人”，往往会遭到迫害甚至死于火刑。
为什么会在那个时代出现如此强大的宗教力量呢？一些学者分析认为，当时欧洲各国经济体系不完善，很多国家依赖外部势力支撑，因此天主教成了各国之间的重要纽带。为了保障自己的地位不受威胁，教会采取了让民众变得愚笨的手段，使得人民没有新的思想，无法挑战教会的权威。一旦有人挑战他们的地位和权力，教会便采取极端手段，将其消灭。
此外，中世纪的欧洲在卫生方面的状况尤为堪忧。那时的城市街道上，粪便和尿液随处可见，甚至很多衣冠楚楚的人一辈子都不洗一次澡。连当时的法国国王路易十四，也宁愿发明香水，也不愿意洗澡。这个时期还出现了一个奇特的发明——高跟鞋。贵族们为避免踩到街上的排泄物，特意发明了这种鞋子。
中世纪的贵族虽然住在城堡里，但也没有好到哪里去。由于缺乏基本的排污设施，城堡中的排泄物通常会通过一个通道直接排入护城河中，造成水源污染。那时的人们甚至认为，这种做法能起到“自然屏障”的作用，能防止敌人入侵。
同时，贵族的饮食卫生也令人堪忧。他们吃饭时往往不注重卫生，直接用手抓食物。这种不卫生的生活方式为后来的黑死病的蔓延提供了温床。
说到黑死病，这场大瘟疫成为中世纪欧洲最严重的灾难之一。黑死病的爆发导致了至少2500万人死亡，相当于当时欧洲人口的三分之一。这一切与当时欧洲极差的卫生环境和医疗条件息息相关。鼠疫在中世纪的欧洲如鱼得水，迅速传播开来。而当时的医学根本无法应对这种灾难，许多医生愚昧无知，他们常常用放血、灌肠等方式来治疗病人，认为这能清除体内的“污血”。这种错误的医学理论源自古希腊，而到了中世纪，医疗水平不仅没有进步，反而更加荒谬。
除了基本的卫生问题，医学上的迷信也让无数人遭受痛苦。在那个时代，人们信奉“生死听天由命”的观点，医学大多由教会主导。病人若接受治疗失败，往往被认为是因为上帝的惩罚，而不是医生的无能。
在这个时期，许多才华横溢的学者和科学家也成了迫害的对象。例如，有位科学家因在《基督教信仰的复兴》一书中提出了血液循环的理论，被指控“妄议”并遭到活活烧死。类似的悲剧屡见不鲜。比利时生物学家维萨留斯仅仅因为出版了一本关于人体结构的书，就被迫去耶路撒冷忏悔，最终在回程中被残害致死。
那些为知识与真理而战的学者，常常因为挑战宗教权威而遭到迫害。像女数学家希柏提亚，她因为提出数学的基本原理，被残忍折磨致死。她在被剥去衣服后，遭到了一群残暴的宗教狂热分子用锋利的工具一点点剥去肉体，最后她的尸体被丢进火焰。
在黑暗的15世纪末到17世纪，宗教法庭与世俗司法机关一起，展开了对“巫师”的大规模打压。尤其是女性，因为她们在当时社会中地位低下，容易成为被指控的对象。稍有异常，便可能被误认为是巫师，被残忍对待。
综上所述，黑暗时代的根源，主要是因为没有一个统一的政权，导致教会的势力膨胀。加上黑死病的肆虐，整个社会从上到下都生活在苦难中。对知识分子的残酷迫害，使得这个时代再也看不到光明。幸运的是，随着人文主义思想的复兴，中世纪的黑暗时代最终迎来了结束，欧洲开始走向更为光明的未来。
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