回复协查函的方法因情况而异，但一般包括以下内容：
第一部分：回复的基本信息。
回复协查函需要先注明回复的单位、时间、地点、主管人员和联系方式，以方便协查单位进行联系和确认。
第二部分：回复的内容。
回复部分包括以下几个方面：
1. 对协查内容的确认：需要确认接收到的是哪一份协查函以及其涉及的内容和要求。
2. 在确认后，需要说明协查函中所提供的信息和材料是否能够由本单位提供，如果能够提供，还需要说明提供的形式和范围。如果不能提供，则需要说明不能提供的原因。
3. 如果协查函涉及的问题涉及到本单位所负责的其他相关事项，还需要说明相关事项的基本信息和情况。
4. 在回复中还需要提供联系方式和请求协查方联系，以便协查方进行确认和追踪。
第三部分：结尾。
回复使用感谢措辞，表示感谢协查方的配合和支持，同时还表达合作愿望，强调合作的重要性以及未来合作的潜在机会。
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